Rumah Sakit Umum Daerah Gema Santi Nusa Penida adalah Rumah Sakit milik Pemerintah Daerah Kabupaten Klungkung yang merupakan unsur pendukung tugas Bupati di bidang pelayanan kesehatan, sebagai Unit Pelaksana Teknis Dinas Kesehatan yang bersifat fungsional, otonom dan bekerja secara professional yang dipimpin oleh seorang Direktur, berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Bupati melalui Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten Klungkung.

Berdirinya UPTD. Rumah Sakit Umum Daerah Gema Santi Nusa Penida berawal dari keinginan/aspirasi dari masyarakat Nusa Penida agar ada pelayanan kesehatan di Nusa Penida yang mana pelayanan mampu mengurangi rujukan ke RSUD yang letaknya di seberang lautan. Terbitnya Permenkes Nomor 24 Tahun 2014 tentang Rumah Sakit Kelas D Pratama, Pemerintah Daerah Kabupaten Klungkung mengusulkan agar di Nusa Penida dibangun Rumah sakit kelas D Pratama. Kemudian melalui Dana BKK provinsi bali akhirnya dibangun Rumah Sakit kelas D Pratama di Nusa Penida lokasi Desa Ped, Kecamatan Nusa Penida. Dibangunnya rumah sakit ini sesuai dengan Keputusan Bupati Klungkung Nomor: 445/04/HK/2017 tentang Izin Operasional Unit Pelaksana Teknis Daerah Rumah Sakit Pratama Gema Santi Kelas D Nusa Penida Kabupaten Klungkung. Rumah Sakit mulai menjalankan kegiatan pelayanan pada tanggal 21 November 2017.

Dalam rangka peningkatan layanan Kesehatan di Kecamatan Nusa Penida dilakukan peningkatan klasifikasi Rumah Sakit Pratama Gema Santi Nusa Penida menjadi UPTD. Rumah Sakit Umum Daerah Gema Santi Nusa Penida sesuai Surat Izin Operasional dan Penetapan Kelas Rumah Sakit Nomor: 440/0002/BA/SIO-RS/DPMPTSP/2019, bahwa UPTD RSUD Gema Santi Nusa Penida telah menjadi Rumah Sakit Umum Daerah Kelas D. Dengan peningkatan klasifikasi ini diharapkan UPTD. RSUD Gema Santi Nusa Penida dapat memberikan pelayanan Kesehatan yang menyeluruh kepada masyarakat khususnya masyarakat di Kecamatan Nusa Penida.